Staroslovenski grobovi, ki so bili izkopani v bližini cerkve sv. Janeza Krstnika na Zgornjem Brniku, nam pričajo, da je na mestu sedanje cerkve njena prednica stala že v zgodnjem srednjem veku. Odkriti so bili tudi ostanki gotskega prezbiterja. Cerkev se prvič omenja šele v 15. stoletju, od nje pa sta se ohranila le zvonik in sklepnik stropa, vzidan v zunanjo steno prezbiterja.
Današnja stavba je bila postavljena leta 1742, v njej pa so trije znameniti oltarji domačega kiparja Petra Janežica. Glavni je iz leta 1759, stranski pa iz leta 1762. Oljna slika v tronu glavnega oltarja je delo domačina Ivana Franketa. Freske štirih cerkvenih očetov na oboku je naslikal Matija Koželj. Na koru so orgle z desetimi registri, delo orglarja Petra Rumpla.
Viri: TIC Cerklje