Območje je zavarovano kot državni naravni rezervat od leta 1998. Nastanek samega Škocjanskega zatoka je tesno povezan z nastankom in razvojem mesta Koper.
Tako so na območju zatoka prebivalci najprej uredili soline in uredili prve bazene za izhlapevanje vode. V času beneške nadvlade se je solinarstvo zelo razmahnilo od druge polovice 13. stoletja. Z nasipi in mrežo kanalov so soline zaščitili pred plimovanjem in rečnimi poplavami. Po padcu beneške republike se je zmanjšala tudi vloga in pomen solin. Posebej so zaščitene nekatere živalske in rastlinske vrste v programu natura 2000.
Habitatni tipi, ki sestavljajo Škocjanski zatok so: Sredozemska slanoljubna grmičevja, Sredozemska slana travišča, Pionirski sestoji vrst rodu Salicornia in drugih enoletnic na mulju in pesku, Obalne lagune ter Muljasti in peščeni poloji, kopni ob oseki.
Viri: TIC Koper